不同的品种对水稻稻曲病抗性反应程度不一，密穗型品种发病重，选择一次支粳枝梗数多和一次枝梗粒数多的稀穗型品种，少选择秆矮、叶片较宽而角度小、二次枝梗数和二次枝梗粒数多的密穗型品种。
其次，加强栽培管理，对发病稻田水稻收割后要深翻、晒田；梨田时打捞菌核，减少田间病原物。
第三，做好种子消毒；
第四，合理施肥，施足底肥，巧施穗肥，施适量的硅肥，严格控制中后期偏施氮肥；
第五，合理密植，适时移栽，勤灌浅灌，苗够及时晒田，对于泥脚深、长势繁茂田块需要多漏田，降低田间湿度。