芹菜苗期管理至关重要，以下是苗期需要注意的几个方面：
环境管理
- 温度调控：芹菜是喜冷凉作物，出苗最适宜温度是15 - 20℃，苗床温度不宜超过25℃。夏季外界温度通常在30℃以上，不利于芹菜出苗，温度过高时，应采取遮阳、喷水等降温措施。同时，芹菜苗床要注意小水勤浇，保持苗床湿润，温度较低的井水也有利于降低苗床温度，为芹菜苗创造适宜的生长环境。
- 光照管理：播种后覆土，在畦面上覆盖遮阳网或草帘等物遮阴，以利于幼苗出土。当幼苗出土后，傍晚时应及时撤除遮阳物。也可将芹菜种与小白菜种混播，待芹菜出苗后及时将小白菜拔除。
间苗管理
当芹菜幼苗长到1片真叶时，疏掉过密苗、病苗、弱苗，苗距调整到2 - 3厘米，结合间苗拨去田间杂草，改善芹菜苗子的生长环境，促进苗壮。若不及时间苗，会使一些地方芹菜苗密度过大，出现大量弱苗、小苗，而且植株间透气性差，容易感染病害，出现死苗。
水分管理
- 浇水频率和量：芹菜苗期应小水勤浇，保持苗床湿润。出苗前畦面要经常保持湿润，没有遮荫物的苗畦，因气温高、蒸发量大，要注意在早晨或傍晚经常浇小水，一般1至2天浇一次；早春或冬季育苗，一般不需浇水，以防降低地温。出苗后至第一片真叶展开必须经常浇水，保持畦面湿润，防止烈日晒伤幼苗，一般2至3天浇一小水。幼苗长至3至4片真叶时，根系开始扩大，吸水能力逐渐增强，浇水次数要逐渐减少，使畦面见干见湿，以促进根系的发育和加速幼叶分化。若浇水过多，易导致幼苗徒长，不利于培育壮苗。苗高近10厘米时，可随水追肥1 - 2次。
- 排水防涝：夏季雨水多，经常会有暴雨来临，排水不良的地块积水严重，容易产生涝害。芹菜苗根系弱，更应做好排水防涝工作，在苗床附近建造排水沟，保证降雨后能及时将积水排出。
施肥管理
- 追肥原则：芹菜苗期一般不追肥，如长势弱、缺肥时，在4 - 5片叶时追肥1次，随水追施尿素每亩5公斤，或叶面喷施0.2%的尿素溶液。在2至3片真叶以后，也可结合浇水进行2至3次追肥，追肥量要掌握“少量多餐”的原则，一般每个育苗畦冲施尿素或三元复合肥0.25至0.5千克。
病虫害防治
- 病害防治：夏季高温多雨，苗床湿度大、温度高，芹菜苗容易感染多种病害，如猝倒病、软腐病等。软腐病是一种细菌性病害，病苗腐烂，有臭味，湿度大时发病重，蔓延迅速，若预报有连阴雨，应及时喷一遍保护性药剂，雨后注意观察苗情，若出现病害应及时喷施药剂，可用72％农用链霉素3000倍、3％中生菌素1000倍、33.5％喹啉铜800倍等药剂防治。猝倒病是真菌引起的病害，常造成大面积死棵，建议在出苗后以及阴雨天后及时喷药预防，可用75％百菌清600倍、精甲霜灵锰锌1000倍等药剂喷施。此外，要注意提前补充硼、钙等中微量元素，避免烂杆、烧心等生理性病害的发生。
- 虫害防治：夏季危害芹菜的害虫主要有菜青虫、蚜虫、潜叶蝇等，有条件的可用防虫网覆盖，减少害虫侵入，同时针对不同害虫药剂防治，如吡虫啉、阿维菌素、灭蝇胺等药剂，预防虫害的发生。