关于子莲的起源,目前较为一致的看法是有两个起源中心,即一个在亚洲,一个在美洲。亚洲起源中心尚有两种说法:一说是印度,一说是中国。
根据我国考古学家的发现,子莲在中国至少已有7000余年的历史。20世纪初,在我国山东省济南市北郊白鹊山临泺口地下200余米的泥炭层中,曾发现过很多的古代莲子。1973年,考古工作者在浙江省余姚县罗江公社发现的距今约7000年的新石器时代遗址中,有荷花粉化石。同年,在河南省郑州市大河村“仰韶文化”房基遗址的出土文物中,发现了两枚距今已有5000余年的古代莲子。此外,距今2100年前的湖南省长沙市马王堆汉墓中有藕片作殉葬品;距今1600年前的南北朝时代的青瓷莲花尊(武昌钵盂山出土)上有莲花瓣装饰纹。
关于莲的文字记载,最早见于3000年前的《诗经•泽陂》:“彼泽之陂,有蒲有荷”。在《诗经•郑风》中还有“山有扶苏,隰有荷华”的记载。《周书》中有关于“鱼龙成则薮泽竭,薮泽竭则莲藕掘”(见尔雅翼)的记载,说明当时已有莲鱼同泽、竭水掘藕的生产方式。距今已2000多年的楚国大夫屈原,在他的著名诗篇《离骚》中有“制芰荷以衣兮,集芙蓉以为裳”。芰与芙蓉即荷莲。
人工栽培子莲的文字记载,在1400年前贾思勰所著的《齐民要术》中,有“八月、九月中,收莲子坚黑者于瓦上磨莲子头,令皮薄……皮薄易生,少时既出,其不磨时,皮既坚厚,仓卒不能生也”。说明当时莲农已懂得破莲子壳有助于出芽的道理。福建省建宁县县志曾记载“唐朝仪凤年间居民曾延种红莲”(唐朝仪凤公元676~678年)。