在食用菌生产中，由于各种原因，常使菌种遗传物质发生变异，进而出现优良性状减退或消失、产量降低、质量下降等现象，这就是菌种退化。
（一）菌种退化：
1.菌种退化的实质：菌种退化的实质是遗传物质发生了可遗传的变异。菌种退化是一个从量变到质变的渐变过程，当发生有害变异的个体在群体中显著增多，以致占据优势时才会表现出来。对于群体来说，个别细胞的退化变异会随着细胞的分裂而逐步增加，使衰退的个体逐渐增多，最后使整个群体发生严重的衰退。虽然菌种退化现象普遍存在，但可以采取适当措施延缓其退化进程，将群体的退化控制在最低限度。尽管个体的变异可能是一个瞬时的过程，但菌种退化却需要较长的时间。因此，在退化的菌种中，经常有少数尚未退化的个体，这是菌种复壮的基础。

2.菌种退化的原因与表现：菌种退化的主要原因是交叉感染、自体杂交、基因突变、培养条件不适等，病毒感染也会引起菌种退化。食用菌菌种感染病毒后，病毒数量不仅会随着菌丝体的扩大繁殖而增加，而且还会通过带毒的孢子传给下一代。当菌种携带一定浓度的病毒粒子时，在栽培中就会表现出产量降低、质量下降等退化现象。菌种退化除了与其自身的遗传特性和所处的环境密切相关之外，还受转管次数、机械创伤等外界因素影响。菌种退化的主要表现是理想的优良性状逐渐丧失，继而出现菌丝生长势弱、代谢能力下降、产量降低、易受病虫害感染等。

3.防止菌种衰退的措施：在某种意义上，菌种退化是必然发生的现象，但依然可以采取多种措施防止菌种过早衰退。
（1）控制母种转管次数：从理论上讲，菌种可以进行多次转接；但由于在操作中菌丝受机械创伤等影响，会使菌种产生突变，而多数突变对菌种是不利的。因此在可能的情况下，尽量减少转管次数。实践证明，生产上用的菌种转接控制在5代范围内较为合适。
（2）防止菌种混杂在菌种转接、出菇管理等过程中，加强品种隔离管理，减少品种间相互混杂的机会，防止不同品种的孢子四处传播，以保证优良品种的遗传特性相对稳定。
（3）经常改变培养基配方：经常改变培养基配方，增强菌种对不同培养基质的适应能力，有利于防止菌种退化。
4.采取适宜的方法保藏菌种：保藏菌种时应将短期、中期和长期保藏方法相结合，根据不同需求选取不同保藏方法，减少保藏菌种转接次数，尽量避免菌种在保藏期间出现衰退。
（5）尽量为菌种生产创造良好条件：创造适宜的营养条件和环境条件，促使菌丝健壮生长，减缓菌种衰退速度。营养条件包括营养物质的种类和比例，营养不足和过于丰富对菌种生长均不利。温度、湿度、空气、光线等环境条件适宜才能使菌种正常生长。
（6）防止病毒感染：病毒感染也可以造成菌种退化，应及时淘汰可能感染病毒的菌株，尤其是淘汰病毒含量高、菌丝体及子实体性状已受到严重影响的菌株。

（二）菌种复壮：从衰退的群体中寻找尚未衰退的个体，进行分离培养，达到恢复菌种优良性状的过程，称为菌种复壮。在实际生产中，一般在菌种尚未退化之前进行菌种复壮。
1.菌种复壮的原理：自然界生物以遗传变异为基础通过自然选择得以进化。变异提供了选择的基础，选择保存适应环境的个体，这些个体使优良特性得以遗传。如此再变异、再选择、再遗传，循环往复，使生物得以不断进化。



2.菌种复壮方法：
（1）菌丝尖端分离：挑取健壮菌丝体的顶端部分，进行纯化培养，使菌种恢复原有的生活力和优良种性，达到复壮的目的。
（2）适当更换培养基：长期使用同一培养基继代培养菌种，可能会使菌种生活力逐渐下降。在菌种继代培养中，要经常改变培养基成分，在培养基中适当添加酵母膏、维生素等物质，以刺激菌丝生长，提高菌种活力。


（3）进行分离复壮：从栽培的群体中，找出尚未衰退表现的个体，通过组织分离获得菌种，进行提纯复壮。采用菌丝体进行菌种复壮时，用无菌水将斜面上的菌丝稀释，再将菌丝体放入装有无菌蒸馏水的三角瓶中摇匀，然后转接到平板培养基上，使菌丝分布均匀，适宜条件培养至萌发成菌落。从中挑选生长健壮的菌丝转接后作为母种。需要进行栽培试验，如果复壮菌种与原来菌种性状一致，表明菌种得到复壮。
（4）定期进行菌种分离：对生产中应用的菌种，每1~2年分离1次，才能起到复壮的作用。通常选择具本品种典型性状、生长健壮、无病虫害的子实体进行组织分离，重新获得生长旺盛、活力强的菌丝。反复进行无性繁殖，也会造成菌种衰退。可定期采集有性孢子通过单孢杂交或多孢杂交进行菌种复壮。不管采用何种方法，得到的菌种只有经过出菇检验证明其性状优良后，才能在生产上应用