党的十八届三中全会以来，与农业发展直接相关的农村集体产权、新型农业经营体系、农产品价格形成机制、农业补贴等多个方面改革不断深化，总体上取得了重要阶段性进展，一些关键改革取得突破性进展，成效不断显现。
这次全面深化农业农村改革，总体上是在顶层设计推动下进行的，改革思路明确，改革进程有序，但也有一些地方对改革理解不准，束手束脚，主动性不够，缺乏探索，机械地理解改革顶层设计，由此影响到农业发展相关体制改革的实施效果。同时，推进与农业发展直接相关的体制改革，理论上和实践中都普遍存在着一些亟待解决的重大问题，也带来了一些新的重大问题。无论是深化改革本身，还是改革预设目标与实际结果之间的差异，都需要高度重视。
农业体制方面的缺陷导致我国诸多问题，现实依然严峻：
1）小农场难以做好生产经营和休闲旅游，身处困境，影响9亿人实质性脱贫；
农业需要遵循一个良性的循环系统，一旦一个环节出现问题就会全面瘫痪，对时间季节有严格要求的农产品来说，错时就是生命的终结。
而对于一些没有发言权、没有地方说话的小农场及小的自营电商，我们应该也保留关注，他们也同样不容忽视。
2）美丽乡村建设、公用品牌缺乏经营主体，成为新一代“形象工程”、“面子工程”；
一些地方行政部门和市场经营主体对品牌建设存在认知误区，认为有商标就是品牌，混淆了品牌和商标的区别，而且“重生产，轻品牌”的现象比较普遍，打造品牌的意识不强，缺乏对品牌内涵的认识、对品牌形象的塑造和文化的挖掘。在管理上，一些地区认为区域公用品牌就是“行政品牌”，地理标识可以超过原产地。此外，多数市场主体存在品牌定位意识缺失的问题，商标注册随意性较大，认为“高大上”就是品牌等错误认识。
3）批发商过多，丛林法则之下，农产品量价波动严重，数据紊乱，扰乱生产部署；
批发商是蔬菜行业之中非常重要的一个群体，起着承上启下的关键作用。放在以前，批发商可谓是非常风光的一个环节，不少农批一代已经赚得盆满钵满，甚至洗脚上田了。因为那个时候，信息不透明，行业不规范，再加上行业套路多。
而现在是一个互联网十分发达的年代，信息随时随地可以掌握，每个市场的一举一动都可以瞬间让人知道。再加上物流行业的高速发展，导致批发商可发挥的功能越来越小，想靠信息差，或不良行为来赚钱的机会已经极少了。
4）乡村治理缺乏官民一致的利益目标，导致不作为或乱作为，影响党和政府形象。
把乡村治理作为公共管理学科的重要研究指向，是基于乡村治理的重要性。新中国成立后的相当长一段时期，我国乡村社会一直扮演着我国城镇化、工业化发展资源供应者的角色。乡村社会不仅为我国城镇化、工业化提供了大量资金，而且成为我国社会发展的“稳定器”和“蓄水池”。
5）农业科研、人才培训得不到完整、细致的依据，脱离生产和市场实际；
6）大企业无法依托广大生产者，只能自己包地去干，影响打造“大粮商”。