小麦根腐病自苗期至成株期均可发生，幼苗、根、茎、叶、穗均可受害，由于小麦受害时期、部位的不同，症状也各有特点。
一、苗期症状：幼苗被侵染时，芽鞘和根部变褐甚至腐烂，严重时幼芽不能出土便枯死，受害轻者虽能出土，但生长细弱不久便枯死。在分蘖期间根颈部分常有褐斑，叶鞘褐色腐烂，严重时也能引起幼苗枯死，分蘖增多形成丛生，但这些分蘖多为无效分蘖，不能形成穗。二、成株症状：小麦根颈部呈褐色腐烂，引起茎基部折断倒伏而枯死。在孕穗前后，有时在麦田中会发现有点发性的枯死麦株，呈青灰色或白穗，称“青死病”。叶片上的病斑，最初为梭形黑褐色，逐渐扩大呈长椭圆形或不规则形，中央灰白色或淡褐色。叶鞘上病斑较大，长椭圆形，近长方形，灰色，边缘不明显，叶鞘上的病斑还可引起茎节发病，在潮湿条件下，病斑表面会产生黑色霉状物。
三、穗部症状：穗部受害时，在颖壳上形成褐色不规则形的病斑，有时边缘色较深，当湿度大时，病斑上会长出黑色霉层。穗轴和小穗梗常变为褐色，严重时，可使小穗枯死。穗部发病需要与颖枯病或黑颖病区分开来。颖枯病常使颖壳的尖端干枯，上生小黑点。黑颖病为害的颖壳，产生褐色条斑，没有明显的边缘，呈油渍状。病穗种子多不饱满，胚部变黑，称为“黑胚”或“黑点病”，较正常种子发芽率显著降低。麦芒发病后，产生局部褐色病斑，病斑以上的一段芒即干枯。小麦根腐病菌以菌丝体在病残体、病种胚内越冬、越夏，也可以分生孢子在土壤中或附着种子表面越冬、越夏，成为初次发病的侵染源。小麦抽穗后，分生孢子从小穗颖壳基部侵入穗内，危害种子，形成黑胚粒。在冬麦区，病菌在病苗体内越冬，返青后带菌幼苗体内的菌丝体继续危害，病部产生的分生孢子经风雨传播，进行再侵染。重茬田块发病逐年加重。防治小麦根腐病除选用抗耐病品种外，麦收后及时耕翻灭茬，使病残组织当年腐烂，以减少下年初侵染源。采用小麦与豆科、马铃薯、油菜等轮作换茬，适期播种。药剂防治可选用24%福美双·三唑醇悬浮种衣剂药种比1:50包衣，还可选用异菌脲、萎锈灵·福美双等药剂拌种。小麦扬花期叶面喷施可用丙环唑、三唑酮、烯唑醇等药剂，7一10天1次，用2一3次。