对于这个问题来讲，农家肥和生物菌肥混合使用是1+1≥2的效果，农家肥和化肥混合使用，效果也是1+1≥2。但是，如果在化肥中掺混一些生物菌肥的话，就要注意一些问题了，否则可能会徒增种植成本。


农家肥，其主要的成分其实就是完全消化的蛋白质、纤维素以及其他的一些有机物。在经过一段时间的高温腐熟以及厌氧微生物的作用之后，稳定的有机物结构发生了一些破坏，从而变成可以安全施入到农田的农家肥。由于农家肥的来源不同，其养分含量和组成方面多少也有一些差异。比如说禽类以及猪等杂食性禽畜粪便腐熟的农家肥就要比饲草畜类的粪便腐熟的农家肥要有劲，主要原因还在于杂食性禽畜的饲料中蛋白质、糖类等有机物更加的丰富。


农家肥在施入农田后并不会马上分解释放养分，而是需要土壤中地下生物和土壤微生物的双重作用才会使其中稳定结构被破坏的蛋白质、糖类、纤维素等有机物逐渐的分解成可以被作物根系吸收的小分子无机物，比如说最终被分解成单糖、氨基酸、无机盐等小分子物质。而这个过程的关键就是土壤微生物的种群数量了。所以，人为的在使用农家肥的时候增施或者添加一些微生物菌肥，对促进农家肥的分解有一定的效果。尤其是在耕地理化性质严重退化的今天，增施有机肥和微生物菌肥是一个积极的调理过程。但是，也不要想着用了就会出现较为明显的效果。毕竟农家肥的主要作用是改良土壤和改善农作物果实的品质，而不是增产。


与此同时，如果化肥和农家肥掺混使用也是可以的，短期内可能不会达到减少化肥用量的目的。但是长期看来这是一个必然的发展途径。只不过其中有一个问题就是农家肥普遍具有一定的含水量，如果与化肥混掺使用可能导致化肥溶解从而影响作业效率的问题。


如果在加上微生物菌肥的话，还是建议微生物菌肥单独使用，以避免土壤中化肥溶解后部分区域盐离子浓度过高，影响微生物菌类的活性和繁殖扩散能力，影响实际的施用效果。如果是在盐碱或者盐渍化较为严重的地块，对微生物菌肥的选择需要慎重，碱性环境下，微生物菌类的活性和繁殖扩散能力会受到严重的抑制。


所以，化肥、农家肥和微生物菌肥可以混合使用，只要主要避免上述提出的几个问题，是不会出现什么不良影响的。