水萝卜的糠心病又称空心，是肉质根木质部中心部分发生空洞的生理性病害，防治方法可以从以下几个方面入手：
农业防治
1. 选择合适品种：挑选不易糠心、肉质根密致程度高、生长速度慢、叶片较小、肉质致密、口感发硬、干物质含量高的小型品种，如涪陵红心萝卜、卫青、鲁萝卜5号、大籽水萝卜等。
2. 适时播种：根据当地气候条件，选择适宜的播种期，使肉质根的膨大期处于昼夜温差较大的寒冷季节。避免播种过早，若播种过早，萝卜在高温干旱下生长，尤其是晚上温度高，生长停滞，消耗大量营养物质，容易糠心；也不宜播种过晚，以免萝卜太小，降低市场价值。
3. 合理密植：不同品种的种植密度有所差异，大型品种一般行距50 - 60厘米、株距20 - 30厘米；中型品种行距40 - 50厘米、株距15 - 20厘米；小型品种株、行距8 - 10厘米。特别是大型品种，适当增加栽植密度，可抑制地上部生长，使根部有充足的营养，从而减少糠心。
4. 科学施肥：采取以基肥为主、追肥为辅的原则，注重氮、磷、钾三要素的合理搭配，重点增施钾肥，促进根发育，增强输导组织功能，同时防止因氮肥过多致使叶片生长过度旺盛，影响同化物质向肉质根运输。基肥充足生长期较短的品种，可以少追肥；大型品种生长期长，追肥可少追勤追。一般在整地时每亩施腐熟圈肥3000千克，同时增施三元复合肥50千克，切忌氮、磷、钾肥单独施用，在肉质根膨大初期可结合浇水每亩冲施高钾复合肥20千克，施1 - 2次。
5. 合理浇水：控制土壤的湿度，防止过干过湿，采用“天旱浇透，阴天浇匀”的方法，保持土壤湿度为70% - 80%。生长中后期需水量大，要充分供水，但浇水量不可过多，以防地上部徒长。尤其在萝卜生长后期，切忌土壤过干，干旱时应适当浇水，浇水宜选在傍晚时进行，以降低土温，有利于叶中的营养物质向根部运转，促进肉质根的膨大，防止糠心。
6. 适时收获：在收获前5 - 7天要停止浇水，或少量浇水，以免浇水过晚或水分过大、土壤太湿不便于作业延误了正常的收获期。萝卜适时收获的标准是肉质根充分膨大，肉质根的基部已经圆起来，叶色较淡，开始变为黄绿色时。收获后削去根顶部，使之不能抽薹，也可防止贮藏期抽薹糠心。
化学防治
1. 喷施硼肥：硼是萝卜生长发育重要的微量元素之一，为防止因缺硼引起的糠心，在底肥施用上，要加1.5 - 2.5千克硼砂，最好和有机肥一起堆沤后使用。在追肥上，即在肉质根膨大前期，最晚至肉质根膨大中期，喷0.2% - 0.4%的硼砂或硼酸溶液，每3 - 5天喷一次，连续喷3 - 4次，效果较好。
2. 喷多效唑：多效唑具有控制植物生长过旺、合理调节植物体内光合产物的分配和运转的功能。在萝卜植株生长期，亩用15克15%多效唑可湿性粉剂，对水50公斤均匀喷洒，非生长过旺的田块一般用药1次即可。
3. 喷萘乙酸：生长后期喷洒10毫克/公斤萘乙酸溶液2次，每次间隔10 - 15天，既不影响肉质根生长，又能防止糠心，延迟成熟。若在喷洒10毫克/公斤萘乙酸时，加5%蔗糖和5毫克/公斤硼砂液，三者混合喷洒，防治糠心效果更好。
贮藏管理
贮藏期最适温度为1 - 3℃，空气相对湿度85% - 90%，若挖沟贮藏，则盖土不宜过干。贮运时轻拿轻放，勿使萝卜造成机械损伤。