土壤里面的微生物和土壤矿物质、有机质一样，都是土壤重要组成部分。

微生物群里面主要有细菌、真菌、放线菌等微生物菌群，还有各种小动物比如蚂蚁、蚯蚓、蜗牛等。

细菌是土壤中占比最多的种类，其次是防线菌，最后是真菌。

绝大多数的微生物都是在土壤矿物质或者有机质颗粒的表面，可以形成有机-无机-生物团聚体。

植物的代谢过程，根系不断向外伸展，是有利于微生物生长。

土壤的耕作层含有较高的有机质，土壤表层微生物要比底层数量多，使用有机肥，目的也是为微生物提供养分。

土壤小动物种类中，蚯蚓是最重要的。
蚯蚓吞噬土壤，然后经过肠道改造，以粪便形式排出来，土壤能形成稳定的团粒结构，有助于土壤的通风透气和保水保肥。
一条蚯蚓，一天吞噬的土壤大概是它体重的两倍。

蚯蚓喜欢活动在潮湿、透气、有机质高和含有钙的中性土壤，南方土壤酸化问题，带来蚯蚓数量减少的趋势明显，调节土壤酸碱性有利于蚯蚓繁殖。

在土壤中，其他微生物还有线虫，往往对果蔬的生长造成很大的影响，长期耕种单一作物的地块，建议使用线虫药物灌根（阿维菌素、淡紫拟青霉，毒死蜱在蔬菜限制使用，微囊悬浮剂效果比较好）