苹果黑星病菌的孢子侵染和菌丝生长的温度为 5-30℃，最适22℃。每年自苹果萌芽的 90 天内，尤其是花后的40-50 天内是黑星病菌初侵染期。杜绝病菌的初侵染，完全可以切断病害循环。因此，初侵染期也是防控病黑星病的关键时期。6 月下旬或7 月上旬，黑星病发病的发病达第一个高峰期。春季多雨年份，6 月底，黑星病的病叶率 可达 50%以上。进入 7-8 月份，一方面高温不适合病菌的侵染发病，另一方面寄主的抗病性明显增强，黑星病菌虽有侵染，但诱发的症状很轻。进入 9 月份，随温度降低，叶片老化，黑星病的发病进入第二年发病高峰期。7-8月份侵染的黑星病菌于9月中下旬同时显症，短短的1 周内会闪现大量的黑星病斑，遇雨后病斑上的孢子再次侵染果实和叶片。受侵染的果实在储藏期发病。受侵染的叶片，越冬后产生子囊孢子，成为第二年的初侵染菌源。
防控苹果黑星的主要时期是从苹果萌芽后的 90 天内，最关键的时期是花后的40-50 天内。常规的防治方案如下：
1、清除落叶：于苹果落叶期，彻底清扫果园内和果园周边的落叶，并集中销毁，以压低初侵染菌源的基数。这是防控苹果黑星病的基础。
2、剪除病梢：苹果树萌芽后和发病初期，及时查找并剪除病梢， 防止其传播蔓延。
3、开花前：花露红至花序分离期，喷施内吸治疗性杀菌剂，一方面是抑制在芽内或在枝条上越冬病菌扩展致病，另一方面是保护幼嫩组织在花前的降雨中不受黑星病菌的侵染。
4、谢花期：前期遇雨，需喷施内吸治疗剂。前期无雨，可喷施保护性杀菌剂。以铲除前期降雨中侵染的病菌，并保护幼嫩叶果不受病菌侵染。
5、幼果期：喷施1-2 次高效内吸治疗剂。若遇 2 次以上雨量超过10 mm、持续时间超过 12 小时的降雨，加喷1-2 内吸治疗剂。苹果谢花后的 40-50 天内是防控黑星病的最关键时期，干旱年份用药频度可掌握在 10-15 天一次，多雨年份可掌握在7-10 天一次。雨前可以喷施保护性杀菌剂，但雨后一定喷施内吸治疗性杀菌剂。
6、6 月份：结合其他病虫害的防控，依据降雨的情况，用药 2-3次。
7、7-8 份：结合其他病虫害的防控，兼治黑星病。
8、9 月中旬：喷施 1-2 次内吸治疗剂，抑制前期侵染病菌扩展致病，并保护叶果在后期不受病菌的侵染。
9、防止黑星病菌随苗木调运传播的最有效措施是杜绝从病区调运苗木。
10、防控药剂：

对黑星病菌有内吸治疗效果的杀菌剂有氟唑菌酰羟胺，氟硅唑，嘧霉胺，苯醚甲环唑、吡唑醚菌酯等药剂；保护性杀菌剂有克菌丹、代森锰锌、波尔多液等。氟硅唑对果实和新梢的生长有较强的抑制作用，不建议在果实和新梢的快速生长期使用，可在苹果的生长后期喷施。