小麦自留种，只要具有优良的品质，能保留原小麦品种的优良特性，如很好的抗寒性能，较强的抗倒伏性能，还有很好的抵抗病虫害的能力，和抗旱能力，需肥适中，产量高。若是小麦品种已经退化，或者有了变异，已经改变了原来的优良品质。这样的自留种，就会失去留种的必要，应该立即换种。凡是自留种，种子是或多或少携带了有害病菌，可以使用专用种子消毒药剂消毒处理或浸种处理后才能播种，避免或者减少一些病虫害的危害。
 

进行自留种还要注意这些问题：

• 目前推广的小麦品种，基本都属于自交种，这为我们小麦自留种创造了条件，虽多年的种植依然保持一个品种的种性。但是，我国市场上也在小面积推广杂交小麦品种，如中国农科院通过三系杂交出的杂交小麦品种、河南科技学院小麦中心培育出的BNS型杂交小麦品种等，这些品种的特点就是不能再做自留种使用。如果农户对此没有一定的区分，当做自留种施用，将对小麦种植带来严重的减产、甚至绝收！
• 要注意自留种用小麦的退化。种子公司的存在就是保证生产出小麦种子的纯度和种植优势。如果农户选用低代种子进行自留种，或者对某一小麦品种进行常年反复留种，随着小麦世代的增长，小麦自身也会出现退化，出现纯度不高、抗逆抗病性差、稳产丰产性下降的情况，增加自留种的风险。
• 很多农户并没有自留种的认识和实践经验，导致自留种小麦出现纯度不高、质量下降的因素很多。拌种、播种、收获、运输都极易引起计划自留种的小麦出现机械混杂。田间恶性杂草在留种的时间根除不彻底，甚至出现检疫对象而不自知，如节节麦、全蚀病携带病粒等，混杂在小麦种子内可造成田间恶性杂草的几何倍数增长，或者是病害在田间的流行发生。