一般，辣椒苗在萌芽一直到移栽，或分苗前，都在苗床度过，苗床土的营养充足与否，将直接决定辣椒苗是培育成壮苗，还是弱苗。辣椒苗床土一定要富含有机质，土壤肥沃疏松，具有保水保肥，同时应透气性好。一说到这么好的土壤，一般，都会想到菜园里的土，用于种植蔬菜的土大部分都是用的肥料较多，有机质含量相对较高，认为是比较肥沃的，但是却忽略了一点，那就是，虽然土壤肥沃，由于常年种植蔬菜，这样的土壤里往往含有的致病菌相当多，这样的致病菌大多以病原菌的形态存在于土壤中，在适宜的温床中对幼苗造成侵害，比如，在育苗当中经常遇到的菜苗立枯病，菜苗猝倒病等苗期病害。因此，在种植辣椒前配制营养土时，要谨慎选择菜园土，配置辣椒苗床营养土，菜园土不如肥沃的没有种过蔬菜的大田土壤。这样的大田土壤，致病菌相对较少。在选择苗床土时，沙质土壤比粘土土壤要好一些。因为沙质土壤相对透气性要好一些。如果要选用粘土，也要在途中加入15%左右的蛭石或者粗沙，来增加粘土的透气性能。

再配合苗床土时，一般应加入优质充分腐熟的有机肥，一般土与有机肥的比例为7:3，可适当混入0.1%的控释肥，起用的老苗床为了预防苗期病害，可在辣椒撒播苗时，每平方米用十克左右的多菌灵可湿性粉剂与准备覆盖用土，经过筛混合均匀，将30%撒于底层，然后撒播辣椒种子，之后将其余的药土撒在上面，药土必须是潮湿的，上覆地膜保湿。对于酸度比较大的土质，比如，南方的红壤土等，一般，为降低土壤中的酸度，可适当添加石灰进行综合，改善酸碱度。配合苗床土时，要对土进行过筛，将肥料与土混合均匀，可整平后撒播，可采用纸质育苗盘等。